北京大学深圳医院原名“深圳市中心医院”，是深圳市政府投资4.5亿元人民币建成，并于1999年8月开业的现代化综合性医院。
北京大学深圳医院目前开放病床930张，2008年门诊量210万人次，出院病人3.6万人次，收入9.3亿元。近期，深圳市政府投资近7亿元，新建外科楼和科教楼。医院总建筑面积将达22.3万m2，病床1200张。2009年9月26日，科教楼顺利竣工并举行移交仪式。
2001年9月，深圳市政府与北京大学签署协议，医院更名 “北京大学深圳医院”和“北京大学深圳临床医学院”，纳入北京大学医院管理体系。医院正式更名、挂牌。
经过10年苦心经营，目前北京大学深圳医院的总资产、净资产是开业时的3倍，现代化医疗设备价值超过4亿元。引进各级、各类人才1200多名，其中副主任医师以上471名，博士学位117名，硕士学位390多名，有海外留学经历81名，北京大学的医师及毕业生84名。
北京大学深圳医院开设临床医技科室52个，其中***重点学科1个，省级重点实验室1个，市级重点专科（实验室） 5个，院级重点学科4个。
经国家人事部批准，医院建立深圳市卫生系统***博士后科研工作站。建立北京大学博士点3个，硕士点14个。
10年来，医院紧抓科学管理和改革创新两条主线，在办医理念、院-校合作、健康产业、支持保障、领导体制、选人用人、制度建设、医院文化等方面取得一定的创新和突破。
医院是北京大学***异地合作办医的机构，也是我国院-校紧密型合作办医，实现优势互补、双赢发展的有益探索。医院以医、教、研为主体，以发展健康产业和推行支持保障系统服务社会化为两翼，推行“一体两翼”的经营模式。与北京大学合作使医院“主业”快速发展。医院在深圳市医疗质量评估中，已连续5年排名***。健康产业使医院获得高回报，支持保障系统服务社会化使医院获得低消耗。医院综合绩效显著优于其它多数国有医院。医院创新的经营及综合绩效管理模式分别在全国推广，并先后4次获省、市科技进步奖。
医院高度重视医德医风建设，并将“质量”和“行风”定为办医的两个永恒主题。2000年，医院获广东省行风评比***名。
医院斥巨资投入信息化建设，强力推行“技管”和“技治”。2007年，医院获卫生部“全国数字化示范医院”殊荣。医院利用HIS实时监控“大处方”和“药品异动”的做法在全国推广。
医院秉承北京大学“勤奋、严谨、求实、创新”的校训和医院“仁心仁术、博学博爱”的院训，团结一致、励精图治，努力为我国医疗卫生事业作出应有的贡献。
北京大学深圳医院美容整形科创建于1999年，现有主任医师2名，副主任医师1名，主治医师3名，住院医师2名，主要技术骨干来自国内著名三甲医院，均接受过正规、系统的整形外科训练，部分还具备海外留学经历。科室每年完成各类整形美容手术2000余例，治疗范围涵盖先天性畸形的整复（如：唇腭裂、尿道下裂、两性畸形），外伤、烧伤和肿瘤切除后畸形的矫正（如疤痕挛缩、组织缺损），体表器官的修复与重建（如耳再造、乳房再造、阴茎再造），美容外科（如除皱、重睑、隆鼻、隆乳、吸脂），及各种非手术美容项目（如激光美容，疤痕注射）等，在性别畸形的整形外科治疗和复杂性美容手术并发症处理等方面尤著特色。本专业承担北京大学八年制医学博士班和其他院校美容医学的教学任务，并为整形外科硕士学位培养点。近年科室发表论文数10篇，主、参编专著近10余部；承担国家及省市科研课题数项；科技成果分别获广东省科技进步二等奖、深圳市科技进步一等奖和科技创新奖。本科拥有独立的门诊、病房和治疗室，并引进全套德国进口手术器械和面部轮廓整形微动力系统、电动取皮机、吸脂机、激光治疗仪等。
经多年发展，北京大学深圳医院美容整形科已成为人才结构合理，技术力量雄厚，医教研全面发展，在深圳和周边地区具有一定影响力的专业学科，是广东省医学会整形外科学分会委员、广东省医师协会整形外科医师分会常务委员和深圳市医学会整形美容专业委员会副主任委员成员单位。
